Mit dem Beginn der Privatisierung der Industrie nach 1990 wurden viele dieser Deponien von den Unternehmen abgetrennt und unter dem Dach der MDSE zusammengeführt. Dies diente einerseits der geordneten Weiterführung des Deponiebetriebs zur Unterstützung des Restrukturierungsprozesses, andererseits der Vorbereitung auf die Stilllegung dieser Deponien.
Die MDSE ist heute Eigentümerin und Betreiberin von insgesamt rund 60 Altdeponien, vorwiegend im Bereich der Industriezentren Sachsen-Anhalts. Diese Altdeponien umfassen eine Gesamtfläche von etwa 1.300 Hektar und beinhalten ein Deponievolumen von mehr als 220 Millionen Kubikmetern. Die Sanierung der Deponien befindeten sich je nach Standort in den verschiedenen Stadien von der Stilllegung bis zur Nachsorge. Bei vielen dieser Standorte sind die technischen Sanierungsmaßnahmen bereits abgeschlossen, und die endgültige Stilllegung ist behördlich festgestellt. Diese Deponien befinden sich nun in der Phase der Nachsorge, in der ihre Umweltauswirkungen überwacht und minimiert werden.